當?shù)爻鋈刖彻芾砭值母郯呐_窗口辦理?！　∠褶k理就臺胞證一樣，首先需要填寫一份表格，并附上一張2寸的證件照。臺胞證的年限分兩種：3年或5年，可以根據(jù)需要自行選擇。與舊臺胞證不一樣的是，由于新的卡式臺胞證有芯片，因此需要到一間房間里照相，照片最后會放在卡上，還會打上浮水印。當然，卡式臺胞證還是需要付少額的手續(xù)費，并需要于10個工作日后憑領件收據(jù)來取件。憑取件收據(jù)到出入境管理局取件。大陸的取件系統(tǒng)很方便，辦事員只要憑借收據(jù)上的條碼，就可以馬上“刷卡”拿到證件。
具體辦理單位如下：
1、外交部駐香港、澳門特派員公署領事部，香港、澳門中國旅行社;

2、福建、上海、江蘇、北京、天津、重慶、浙江、廣東、四川、遼寧、山東、安徽、河南、湖北、湖南、廣西、海南、貴州、云南、陜西20個省(市、區(qū))公安機關出入境管理機構。

臺灣居民在大陸的，目前可以向授權的北京、上海、天津、重慶、福建、浙江、江蘇省、直轄市公安機關出入境管理部門申請補發(fā)、換發(fā)5年有效臺灣居民來往大陸通行證和簽注;在其他省(區(qū)、市)的，可向當?shù)毓矙C關出入境管理部門申請辦理一次有效臺灣居民來往大陸通行證、簽注。

福建省福州、廈門市公安機關可通過代辦旅行社受理臺灣金門、馬祖、澎湖地區(qū)居民5年有效臺灣居民來往大陸通行證和簽注申請。