北京住房公積金管理中心是根據(jù)《國務(wù)院關(guān)于修改<住房公積金管理條例>的決定》（國務(wù)院令第350號）決定，經(jīng)北京市人民政府批準(zhǔn)，在北京市住房資金管理中心的基礎(chǔ)上，對機構(gòu)和人員進行重組后，于2002年10月10日組建成立。管理中心同時保留北京市住房資金管理中心的牌子。

管理中心為市政府直屬的副局級事業(yè)單位。中心設(shè)置3個分中心：中共中央直屬機關(guān)分中心、中央國家機關(guān)分中心、北京鐵路分中心；內(nèi)設(shè)11個處室，機關(guān)黨委（黨建工作處）、機關(guān)紀(jì)委和工會；垂直管理20個分支機構(gòu)（18個管理部和住房公積金貸款中心、結(jié)算中心）；下設(shè)2個所屬事業(yè)單位：北京住房公積金客戶服務(wù)中心、北京市住房貸款擔(dān)保中心。

北京住房公積金管理中心的主要職責(zé)是：

(一)編制、執(zhí)行北京地區(qū)住房公積金的歸集、使用計劃；

(二)負責(zé)記載北京地區(qū)職工住房公積金的繳存、提取、使用等情況；

(三)負責(zé)北京地區(qū)住房公積金的核算；

(四)審批北京地區(qū)住房公積金的提取、使用；

(五)負責(zé)北京地區(qū)住房公積金的保值和歸還；

(六)編制北京地區(qū)住房公積金歸集、使用計劃執(zhí)行情況的報告；

(七)承辦北京住房公積金管理委員會決定的其他事項。

北京市住房資金管理中心負責(zé)住房資金（商品住宅專項維修資金、售后公有住房住宅專項維修資金、住房補貼、房改售房款）的管理，主要包括：

（一）住房資金歸集支取管理；

（二）住房資金財務(wù)核算；

（三）住房資金系統(tǒng)及數(shù)據(jù)管理。